02.02.23 Diagnosticul Microbiologic Al Infectiilor Sistemice [PDF]

Zitiervorschau

Tematica  S1. 26.01.2023 Asigurarea calitatii rezultatelor in laboratorul de microbiologie; testarea sensibilitatii la antibiotice- curs, ora 14-18  27.01.2023 Asigurarea calitatii rezultatelor in laboratorul de microbiologie; testarea sensibilitatii la antibiotice – lucrari practice, ora 14-18

 S2. 02.02. 2023 Diagnosticul microbiologic al infectiilor sistemice si ale sistemului nervos central; depistarea portajului MDR si controlul microbiologic al mediului de spital –curs, ora 14-18  03.02. 2023 Diagnosticul microbiologic al infectiilor sistemice si ale sistemului nervos central; depistarea portajului MDR si controlul microbiologic al mediului de spital –lucrari practice, ora 14-18  S3. 09.02.2023 – Diagnosticul microbiologic al infectiilor tractului respirator superior si inferior- curs, ora 14-18

 10.02. 2023 Diagnosticul microbiologic al infectiilor tractului respirator superior si inferior –lucrari practice, ora 14-18  S4. 16.02. 2023 Diagnosticul microbiologic al infectiilor tractului genito - urinar –curs, ora 14-18  17.02. 2023 Diagnosticul microbiologic al infectiilor tractului genito - urinar –lucrari practice, ora 14-18  S5. 23.02. 2023 Diagnosticul microbiologic al infectiilor intraabdominale, gastroenterale –curs, ora 14-18  24.02. 2023 Diagnosticul microbiologic al infectiilor intraabdominale, gastroenterale - lucrari practice, ora 14-18  S.6 02.03.2023 Diagnosticul microbiologic al infectiilor cutanate, osteoarticulare, ale partilor moi si oculare –curs, ora 14-18  03.03.2023 Diagnosticul microbiologic al infectiilor cutanate, osteoarticulare, ale partilor moi si oculare –lucrari practice, ora 14-18

Diagnosticul microbiologic al infectiilor sistemice Monica Licker, Corina Musuroi, Silvana Vulpie

Cuprins  Date din literatura  Sepsis  Hemoculturi  Actualitati in diagnostic  Raport EARS NET – AMR -2022

 Ghidul pentru prevenirea si limitarea fenomenului de AMR si a IAAM  Rezultate SCJUT

Introducere  Infectii sistemice generalizate  Cu evolutie imprevizibila,

 Severitate crescuta,  Rata crescuta a mortalitatii in absenta unui tratament adecvat  Complicatie serioasa

 La pacienti aflati in stare critica,  Stare generala alterata,  Spitalizati in sectii cu risc (ATI),  Cauza majora de mortalitate pretutindeni in lume

Introducere  Sepsis: proces inflamator complex  19 milioane cazuri raportate pe plan mondial anual/ 1 deces /la fiecare 3-4 secunde.

 Detectia in laborator  prin recoltare de hemoculturi - una dintre cele mai simple investigatii utilizate pentru stabilirea etiologie sepsisului  Identificare rapida, de acuratete a bacteriilor/fungilor

 Diagnostic timpuriu si tratament adecvat  Sansa de supravietuire scade drastic - pe masura ce tratamentul este initiat mai tarziu.

Prezența bacteriilor microorganisme viabile în sânge (bacteriemia) poate duce, in lipsa unui tratament adecvat, la dezvoltarea infecţiei fluxului sanguin (BSI) şi sepsis - cauză principală de deces la nivel mondial [1].

Capacitatea de a identifica rapid agenții patogeni și de a iniția tratamentul adecvat elementele critice ale unei intervenții oportune și salvatoare.

La o oră de tratament întârziat -rata de supraviețuire a pacienților cu sepsis scade cu aproape 8% [2].

Cauze ce fac dificilă identificarea microorganismului:

1. Dependente de proba de sânge: ▪ încărcătura scăzută cu agent patogen (1–100 CFU/mL de sânge) ▪compoziției complexă a matricei sângelui [3,4]. 2. Dependente de laborator Lipsa tehnicilor precise și rapide pentru identificarea în timp util a agenților patogeni cauzali și obținerea antibiogramei

 Între timp – se recurge la administrarea unui tratament antibiotic empiric.  Puncte slabe ale acestui tratament: 1. Eficiența dependentă de cunoașterea: ❑ trendului de frecvență a agenților patogeni, în funcție de secție, patologia bolnavului, date de epidemiologie locală; 2. Administrarea antibioticelor cu spectru larg ❑ profilului de sensibilitate la antibiotice a agenți patogeni până la finalizarea diagnosticului bacteriologic. posibil incriminați în infecție. Perioadă de timp este dependentă de dotarea laboratorului și tehnicile folosite pentru identificare și antibiogramă. Prelungirea timpului de administare poate poate contribui la apariția/creșterea rezistenței microorganismelor la antibiotice [7].

3) Durata de administrare dependentă de dotarea laboratoarelor și eficiența personalului ❑ în lipsa aparaturii și a tehnicilor precise și rapide pentru diagnostic a agenților patogeni cauzali, timpul de administrare empirică se prelungește în defavoarea pacientului.

Raportul din 2021 al CDC a arătat că 28% din antibioticele prescrise în Statele Unite nu erau necesare [6].

Hemocultura  asigura diagnosticul de laborator al infectiilor sistemice,  evidentiaza prezenţa bacteriilor în sânge, prin însămânţare pe un mediu de cultură adecvat,  este indicata în cazul pacienților cu suspiciune de septicemie/bacteriemie: sindrom febril prelungit/sindrom infecțios sever, afecțiuni valvulare , infectii locale severe (meningite, endocardite, pneumonii, pielonefrite, supuratii intraabdominale), febra de cauza neprecizata (≥38°C) sau hipotermie (≤36°C), presiune sanguina crescuta/scazuta, frecventa respiratorie crescuta.  reprezinta volumul de sange obtinut printr-o singura flebotomie, recoltat in conditii aseptice si inoculat in unul sau mai multe flacoane cu continut de mediu de cultura lichid de tip bulion. chiar dacă o probă de sânge este distribuită în mai multe seturi de hemoculturi, acestea ar trebui considerate ca o singura hemocultura.

Rolul Laboratorului de Microbiologie clinica in diagnosticul sepsisului  Una dintre cele mai frecvente izolate receptionate de Laboratorul de Microbiologie, chiar daca 90% esueaza in identificarea patogenului  Calitatea probei: cel mai important aspect in cadrul diagnosticului microbiologic – partial nu se afla sub controlul nostru

 Diagnosticul infectiilor fungice invasive - problema pt clinician si medicul microbiolog  cresterea numarului de persoane imunocompromise, sau alte grupuri de pacienti cu risc. * Baron E.J. The Role of the Clinical Microbiology Laboratory in the Diagnosis of Selected Infectious Processes, J Clin Microbiol. 2011 Sep; 49(9 Suppl): S25.

Fluxul de lucru actual al diagnosticului de hemocultură (1) Sângele recoltat este cultivat pe medii de cultura, urmată fie de un ID/AST post-cultură all-inone (a), fie de un ID post-cultură cu un cod separat AST (b + c). (2) Fluxul de lucru cu ID fără cultură este, de asemenea, disponibil în prezent cu AST separat de cultura pozitiva. • Administrarea de antibiotice se realizează după examinare, înainte de prelevarea probei de sânge. • Opțiunile antibiotice pot fi ajustate în funție de rezultatele intermediare de lucru.

Diagnosticul microbiologic al starilor septice  o provocare continua, datorita: Costurilor, Corectitudinii tehnicii de recoltare

Volum de sange/tipuri de pacienti, Timing-ul, Durata incubarii,

Semnificatia/lipsa semnificatiei (in cazul SCN, Corynebacterium sp., fungi, etc), MDRO

Volum  Puțin peste 1/3 dintre pacienții cu sepsis au hemoculturi pozitive  din cauza volumelor inadecvate de prelevare  și a utilizării anterioare a antibioticelor; 20-30% dintre pacienții septici primesc antibiotice empirice inadecvate.

 ghidurile CLSI/EUCAST recomandă seturi pereche pentru a ajuta la diferenta între organisme contaminante și patogenii adevărați;  patru flacoane de 10 ml (2 seturi) - pentru a detecta aproximativ 90-95% din bacteriemii și șase flacoane de 10 ml (3 seturi) - pentru a detecta aproximativ 95-99% din bacteriemii.  rata de pozitivitate a crescut cu 15-35% la mediile pe bază de rășină la pacienții tratați cu antibiotice. Towns ML, Guidelines on blood cultures, J Microbiol Immunol Infect. 2010 Aug;43(4):347-9. doi: 10.1016/S1684-1182(10)60054-0..

Seturi multiple  2-3 seturi prin puncții venoase diferite la 20-30-60 de minute  spitale cu performanțe slabe: 45% seturi unice  cele mai performante spitale: 3,4% seturi unice

 Ratele hemoculturi unice au fost mai mici în spitalele în care seturile au fost monitorizate ca parte a controlului de rutină a calității - decât au fost în spitalele în care acestea nu au fost monitorizate de rutină.  Majoritatea hemoculturilor recoltate la SCJUPBT în 2017 au fost seturi unice, deși manualul de colectare conține recomandarea necesară!

Novis A.D., Solitary blood cultures: a College of American Pathologists Q-probes study of 132,778 blood culture sets in 333 small hospitals. Arch. Pathol. Lab. Med. 125:1290–1294.

Timing  Ghidurile recomandă ca primele două/trei seturi (2 flacoane/set) să fie obținute fie in acelasi timp, fie pe o perioadă scurtă de timp (de exemplu, în decurs de 30 min-1 oră) din mai multe locuri de puncție venoasă.

 Endocardită infecțioasă sau alte infecții endovasculare (adică legate de cateter)  Recoltarea sângelui la intervale distanțate (1 -2 ore între ele)  Dacă primele seturi sunt negative, după 24-48 h de incubare, în cazuri de infecție severă se pot recolta două până la trei seturi suplimentare,  De asemenea, depinde de microorganismele implicate:  sensibilitate buna: pt E. coli sau S. aureus,  sensibilitate scazuta : pt P. aeruginosa, streptococi sau fungi.

BLOOD CULTURE A KEY INVESTIGATION FOR DIAGNOSIS OF BLOODSTREAM INFECTIONS, Biomerieux

Incubarea  Recomandarea actuală și perioada standard de incubație pentru hemoculturi de rutină efectuate prin sisteme de monitorizare continuă a sângelui este de cinci zile.  Datele publicate sugerează că trei zile pot fi adecvate pentru a recupera de la 95 până la 98% din agenții patogeni cu semnificatie clinica.

BLOOD CULTURE A KEY INVESTIGATION FOR DIAGNOSIS OF BLOODSTREAM INFECTIONS, Biomerieux

Recoltarea

 Tratamentul în curs cu antibiotice  interferează cu creșterea bacteriilor

 Rezultatul poate fi fals negativ (chiar dacă flacoanele cu inhibitori de antibiotice îmbunătățesc detecția, rata de recuperare nu este aceeași ca înainte de terapia cu antibiotice).

Rata de pozitivare

 pe baza unui audit efectuat in 649 de laboratoare din SUA - o medie de 7,7% - cu variatii in functie de specificul spitalului  Rate de pozitivitate sub 5% (colectare excesivă)  sau peste 15% (colectare selectivă, rată mare de contaminare) necesită investigație

 Parametrii de cultură asociați cu rate mai mari de contaminare au inclus:  creșterea microbiană dintr-un singur set,  izolarea anumitor specii microbiene (de exemplu, SNC),  și timp mai lung pentru a detecta creșterea în cultură.

Frecventa recoltarii

 Ratele de eșantionare - țintă interesantă pentru dezvoltarea indicatorilor de rezultat, deoarece sunt o măsură a calității diagnosticului și pot fi modificate direct.  Acest indicator, însă, nu a fost încă evaluat și validat. rate de eșantionare: nr de seturi raportate la 1000 de pacienți-zile de spitalizare sau 1000 de paturi-zile de spitalizare

Rata de contaminare  o singură cultură pozitivă pentru SCN /Micrococcus / Propionibacterium BGP coryneformi / Bacillus spp. (altele decât B.anthracis) – imposibil de apreciat pentru seturile unice  Important!! SCN este cauza principală atât a infecțiilor asociate cateterului, cât și a dispozitivelor protetice.  Ratele de contaminare pot fi reduse:  prin respectarea strictă a regulilor de igienă a mâinilor  si a celor mai bune practici pentru recoltarea sângelui, în special în timpul etapelor de antisepsie a pielii, puncție venoasă și transfer de probe în flacoane  limite acceptabile: 2-3%

Impactul ratelor de contaminare  O hemocultura contaminata poate duce la:  terapie cu antibiotice inutile: cu 3 zile mai mult pe antibiotic  durată crescută de spitalizare: în medie 1 zi.  Costuri crescute: Creștere cu 39% a costurilor pt antibiotice intravenoase Costuri suplimentare de la 5.000 USD la 8.720 USD Creștere cu 20% a costurilor de laborator.

BLOOD CULTURE A KEY INVESTIGATION FOR DIAGNOSIS OF BLOODSTREAM INFECTIONS, Biomerieux

Endocardita infecțioasă  Poate fi necesar ca HC să fie recoltate în mod repetat în timpul episoadelor febrile, când bacteriile sunt raspandite din valvele inimii în fluxul sanguin.  Daca se respecta conditiile optime de cultura- HC pozitive se vor obtine in peste 90% din cazuri,  Endocardita „cultură negativă” se poate datora și unor microorganisme pretențioase: Aspergillus spp., Brucella spp., Coxiella burnetii, Chlamydia spp. și grupul HACEK (Haemophilus spp., Aggregatibacter spp., Cardiobacterium hominis, Eikenella corrodens, Kingella spp.)  dacă toate flacoanele sunt negative după 5 zile, iar endocardita infecțioasă este încă suspectată, toate flacoanele ar trebui să fie subcultivate pe agar- chocolat  Incidența endocarditei fungice crește considerabil - Candida spp. - cel mai frecvent implicați BLOOD CULTURE A KEY INVESTIGATION FOR DIAGNOSIS OF BLOODSTREAM INFECTIONS, Biomerieux

Procesarea HC pozitive  În urma pozitivarii, flaconul este scos din sistem și se efectuează o colorație Gram și apoi o subcultură.  Dacă izolatul este pozitiv, morfologia organismului trebuie raportată imediat medicului - influențând terapia adecvată și rezultatele pacientului.  Subculturile sau tehnicile rapide (MALDI-TOF, teste moleculare rapide) trebuie inițiate imediat pentru a asigura o identificare suplimentară a organismului și AST trebuie efectuat cât mai curând posibil.

 Atunci când rapoartele sunt livrate rapid - rezultate îmbunătățite și eficiență în gestionarea pacienților

Kirn T.J., Weinstein N.P. Update on blood cultures: how to obtain, process, report, and interpret, Clinical Microbiology and Infection Volume 19, Issue 6, June 2013: 513-520

Interpretarea rezultatelor

BLOOD CULTURE A KEY INVESTIGATION FOR DIAGNOSIS OF BLOODSTREAM INFECTIONS, Biomerieux

Sources of error and bias in AMR surveillance data Type of error/bias

Mechanism

Solutions

BIAS BECAUSE OF LABORATORY PROCEDURE Laboratory standards

Measurement errors

Use of non-uniform AST methods, e.g. breakpoints from product inserts, out-of-date standards

Use national standards based on international standards for AST methodology (e.g. EUCAST)

Sequential testing, e.g. test carbapenem only if resistance to third-generation cephalosporin

Test susceptibility to all indicator antimicrobials (uniform test panel) on all microorganisms

Improper technique (to heavy inoculum) Improper materials (expirated, or uncalibrated analyzer)

Training High quality materials Quality control Confirmation tests /for unexpected resistance patterns

CAESAR: Central Asian and Eastern European Surveillance of Antimicrobial Data, Annual Report 2014

Type of error/bias

Mechanism

Solutions

BIAS FROM DATA AGGREGATION AND ANALYSIS PROCEDURES Include repeat isolates from individual patients

Collect raw data

Use of varying expert rules, e.g. different rules for deriving resistance used in each laboratory

Use standardized data aggregation and analysis methods

Standarde în diagnosticarea patogenilor BSI Intervențiile privind îmbunătățirea diagnosticului microbiologic al BSI vizează: - reducerea intervalului de timp de la recoltare până la rezultat (TTR) - cresterea calității rezultatelor, - cu prezentarea de noi termene de etapa de diagnostic, în diagnosticul modern al HC: 1.

2.

Procedură/activitate Prelevare de sânge

Acțiune rata de contaminare este