TP Docking PDF [PDF]

Zitiervorschau

M1 Chimie – Modélisation Moléculaire – 2018-19

TP modélisation moléculaire -2- Docking Objectifs : Evaluation d'un protocole de docking pour retrouver le site d'interaction du carazolol dans le récepteur ß-2 adrénergique. Utilisation des logiciels Chimera et Autodock Vina. 1/ Préparation du récepteur, du ligand avec Chimera. a/ Ouvrir le fichier du récepteur : Menu File > Open puis sélectionner le fichier 2RH1_rec.pdb b/ Ouvrir le fichier du ligand : Menu File > Open puis sélectionner le fichier 2RH1_lig.pdb c/ Ajouter les atomes d'hydrogène manquant sur la structure du récepteur : Menu Tools > Structure Editing > AddH puis sélectionner le modèle 2RH1_rec.pdb. d/ Calculer les charges atomiques du système moléculaire récepteur béta-2adrénergique/carazolol : Menu Tools > Structure Editing > Add charges puis sélectionner le modèle 2RH1_rec.pdb et 2RH1_lig.pdb. Préciser le champs de force (AMBER ff03.r1) et la méthode de calcul des charges atomiques (Gaisteger). 2/ Préparation du calcul de docking : a/ Menu Tools > Surface/Binding Analysis > Autodock Vina. b/ Dans la fenêtre qui s'ouvre : choisir un fichier de sortie (Par exemple dock_carazolol), sélectionner le recepteur (2RH1_rec.pdb) et le ligand (2RH1_lig.pdb) c/ Définir l'espace de recherche (taille et position du centre de la grille). Nous vous conseillons les paramètres suivants : center (-36.381 ; 4.757 ; 6.904) et Size : 41x31x34. d/ Dans le sous menu Receptor options, sélectionner dans l'ordre les choix false-true-truetrue-true-false. e/ Dans le sous menu Ligand options, sélectionner dans l'ordre les choix false-true. f/ Dans le sous menu Executable location choisir le serveur opal. Lancer le calcul. 3/ Analyse résultat de docking: a/ Après quelques minutes, un menu s'ouvre avec les différentes solutions de docking proposé par le logiciel Autodock Vina. Inspecter les différentes solutions. Est-ce cohérent avec la pose cristallographique ? b/ Calculer le RMSD entre les différentes solutions générées par le docking et la référence (pose RX). Pour cela il faudra ouvrir le mode ligne de commande (Menu Favorites > Command Line) et taper la commande suivante : rmsd #1@C?,C??,N?,N??,O?,O?? #3.1@C?,C??,N?,N??,O?,O?? Remarque: Cette commande permet de calculer le RMSD entre tous les atomes lourds de la position RX et de la première solution du docking. Voici quelques explications pour modifier la commande : #1 : devrait correspondre au modèle RX du ligand (#2 devrait être le modèle RX du récepteur) #3.1 : devrait correspondre au 1er modèle généré par docking (#3.2 au 2e, #3.3 au 3e, etc.) @ : les lettres qui suivent ce symbole précise sur quels atomes le rmsd est calculé. Ici tous les atomes dont les noms qui commancent par C, N et O. c/ Analysez les résultats. Conclure sur le protocole.

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